Oι Άραβες υπό τον Αμρ Αμρού Ίμπν Άς (Amr- ibn el As) εισέρχονται στην Aλεξάνδρεια, βάζοντας τέλος στη λαμπρή ιστορία της σπουδαιοτάτης Ελληνικής πόλεως της Aιγύπτου. Βασική αιτία κατακτήσεως της Αλεξανδρείας και της Αιγύπτου κατ’επέκταση, ήταν η διαμάχη μεταξύ Κοπτών και Ορθοδόξων. Οι Κόπτες μάλιστα βοήθησαν τους άραβες στην κατάκτηση της χώρας. Κάθε προσπάθεια τού αυτοκράτορα Ηρακλείου να συμβιβάσει τους διοιρημένους υπηκόους του μέσω τού Πατριάρχη Κύρου, απέβη άκαρπος.
Ό,τι κατάφερε με τόσο κόπο και με τόσο αγώνα ο Ηράκλειος έναντι των Περσών, χάθηκε μέσα σε λίγα χρόνια με την εμφάνιση των Αράβων· η μωαμεθανική σπάθα και οι εσωτερικές θρησκευτικές διαμάχες, κατάφεραν ν' ακρωτηριάσουν την αυτοκρατορία και να την περιορίσουν στα όρια των ορθοδόξων πληθυσμών.
Ο Βυζαντινός αξιωματούχος, αλλα Αιγύπτιος στην καταγωγή Μακουκάς, «κατέστη ο μεγαλύτερος προδότης τού Χριστιανισμού», και σε μήνυμα που έστειλε στον άραβα στρατηγό έγραφε: “..ἀπεχθάνομαι διὰ παντὸς τὴν ρωμαϊκὴν τυραννίαν, τὴν σύνοδον τῆς Χαλκιδόνος καὶ τοὺς ἀκολουθούντας αὐτήν Μελχίτας”. Ο Μακουκάς συμφιλίωσε τους Κόπτες με τους Μουσουλμάνους, στο τέλος δε ασπάσθηκε την πίστη τού Ισλάμ.
Η Αλεξάνδρεια πολιορκήθηκε επί δεκατέσσερεις μήνες, με τους Αλεξανδρείς να αντιστέκονται ηρωϊκά στις αραβικές εφόδους· άντεξαν έως τις 21 ή 23 Δεκεμβρίου του 641.
Ό ,τι διασώθηκε από την Βιβλιοθήκη της, στάλθηκε στη Ρώμη, ή βρέθηκε στην κατοχή μοναστηριών και κατόπιν στις βιβλιοθήκες τού Βυζαντίου, όπου σε ένα ποσοστό 89% αντιγράφηκε απο παπὐρους σε περγαμηνές. Άλλα βρέθηκαν στην Πατριαρχική Βιβλιοθήκη τού Καΐρου, άλλα τα έκρυψαν άραβες λόγιοι για να τα γλιτώσουν από την καταστροφή, ενώ άλλα βρέθηκαν σε ιδιωτικές συλλογές (Η Nadia Maria El Cheikh, σε ειδικό υποκεφάλαιο με τίτλο «Βυζαντινή γνώση: Επιστήμη και Φιλοσοφία», αναφέρεται ότι: «Στην διάρκεια τού 9ου και τού 10ου αιώνα, η αυτοκρατορία των Αββασιδών επεδίωξε να οικειοποιηθεί την πολιτιστική κληρονομιά τού αρχαίου κόσμου»).
